不过在上述案例爆发同时，9日台南六甲的火鸡场突然出现3000多只6周龄火鸡暴毙，尽管事件发生正值疫情高峰，但饲主却怀疑是饲料出差错，不仅没有按照规定通报，饲养禽别也与登记证上内容不符，台南市政府因此将在调查完成后，依违反“畜牧法”及“动物传染病防治条例”对业者开罚。至于火鸡尸体随后则被送往畜试所，经过多日检验后，确定感染H5N6亚型高病原性禽流感，成为西部疫情首例。

施泰华指出，禽流感从东部延伸到西部，其路线都是候鸟飞行的路径，因此初步判断疫情是由候鸟所传播，站在防疫立场上，防检局也立即启动多项超前应变机制，包含花莲县的监测管制范围，由原本半径3公里扩大至5公里，并提高监测频度由原本每月1次缩短至每半个月1次，须得连续3个月确认未检出禽流感病毒活动后，才会解除监控；屠宰部分，施则表示现有案例半径5公里内的养禽场，家禽必须经过检测无病毒存在后才可上市屠宰，另外在2月21日前，禁止陆禽运出花莲县以外进行屠宰。

宜兰已销毁3787感染鸭 中央成立跨部会应变小组 

宜兰部分，施泰华指出现已完成3,787只感染鸭的销毁，并于屠宰场周围半径3公里内禽场实施管制监测；至于台南市也已对案例场周围半径3公里内禽场采取管制及监控，并同步对禽场半径3公里至5公里进行全面访视和采样，将尽快确认病毒是否有扩散迹象。

除了各地措施外，农委会副主委陈吉仲也表示，由于疫情已横跨两县市，将建请中央成立跨部会应变中心，好结合农委会、内政部、国防部、经济部等各部会，提升全面防疫动员能量。