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智慧农业不只是设施要到位，养殖品种的管控更是关键，圣鲷水产科技在水产试验所智慧农业4.0补助经费挹注下，107年技转水试所的基因鉴识技术，并设置简易实验室检验种鱼的分子标记，将选育成功率提升到100%，能够有效管理场内保种鱼品系以及商业种鱼的性能培育，降低饲育成本。
“过去都是肉眼看、淘汰不适合的鱼，以为选到金字塔顶的鱼就没问题，但不够准确。”圣鲷水产科技董事长黄壹圣表示，在103年时圣鲷就技转红色吴郭鱼TsR品系，借由遗传学造成的体色差异选育出需要的种鱼，在幼鱼时期就可以挑选出目标种鱼，不必到成鱼才看得出体长差异，可以达到95%的选育成功率。107年又再技转基因鉴识技术，利用分子标记技术建立数据库后，只要撷取组织就可以知道这条鱼是不是目标的种鱼，将选育的成功率提升到100%。
协助圣鲷学习分子标记技术的水试所水产养殖组研究员曾福生表示，水试所约在3年前技转6对海水吴郭鱼TFS品系给业者时，就先将海水养殖的基因列为其中1项分子标记的内容，后续业者再拿此品系与场内种鱼杂交时，会剔除不适合的个体，最后留下他们认为比较适合贩售的子代，水试所再剪鳍采样，判断是不是之前追踪过的品种，如果是就纪录这批被认为是好品种的基因序列，以后看到特定标记就知道是适合的，“分子标记像是身份证，因为这些鱼是经济性物种，我们要留下好的特征，但外表的描述大家不见得一样，如果有基因的协助，就可以比较客观地判断。”
曾福生说明，这些记录下来的基因序列只是反映商业需求，不一定具备学术的特征与定义，不过学术界就可以利用这些资料，进一步了解基因与特征之间的关系，也可以透过已经纪录的分子标记持续追踪技转出去的鱼种。此外，透过这些资料，当养殖户反应选育或养殖问题时，研究人员就能与养殖户有效地沟通，并提供协助，不会像过去一样，养殖户用一套自己的外观辨识语汇，研究人员无从理解。
黄壹圣回忆过去在与研究人员沟通时，彼此都有一套对选育种鱼的判断用语，很难对接起来，现在透过分子标记技术就不会鸡同鸭讲，并且在小鱼阶段就可以操作，只要剪一段鱼鳍，利用PCR的扩充技术，进行检验，就可以追踪这条鱼的血统，判断它长成后的特征进行控管，节省饲育的成本，将选育的成功率提高到100%。
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