如遇多雨天气，苗床期洋葱病虫害将严重发生，应注意提前做好防治工作。选好苗床 选与非葱蒜类作物实行2年以上轮作的田块做苗床，注意不要选用前茬作物超量使用除草剂的田块，以免洋葱僵苗不发或死苗。
深挖排水沟 坚持深沟高畦，苗床四周开好高标准的排水沟，做到雨后床内无积水，降低床内地下水位和土壤湿度。如遇干旱天气，可用喷壶淋喷，切忌漫灌。
防治地下害虫 整地前每亩苗床用48%毒死蜱乳油150～200毫升拌细土30公斤撒施，可防治蛴螬、地老虎。播种后每亩苗床用48%毒死蜱乳油50毫升拌炒熟的麸皮或豆饼2.5公斤做成饵料，在傍晚撒施于苗床四周，可诱杀床外转移至苗床的蝼蛄和高龄地老虎。
土壤消毒 每亩苗床用45%五·溴菌（含30%五氯硝基苯、15%溴菌腈）粉剂300克加细土40～50公斤拌匀，将三分之一撒施于平整好的畦面，三分之二盖种，可减轻苗期病害。
药剂防治 用10%吡虫啉可湿性粉剂1000倍液和2%宁南霉素水剂500倍液喷雾2次，既可防蚜虫、蓟马危害，又可控制由其传毒引起的黄矮病；1～2叶期用3.2%恶霉·甲霜（含2.6%恶霉灵、0.6%甲霜灵）水剂800倍液和25%甲霜灵可湿性粉剂600倍液喷雾防治猝倒病、立枯病，7天后再喷一次；初发病时用爱苗（30%苯醚甲·丙环乳油）3000倍液喷雾防治炭疽病，用50%腐霉利可湿性粉剂1000倍液喷雾防治灰霉病，10天后再喷一次。
