平菇生产过程中，由于管理措施不到位，环境条件不适宜，常易形成畸形菇。生产中应查明畸形菇形成的原因，采取有效防治措施。
1.球形或烧瓶形平菇的菌柄呈球形或烧瓶形，表面不平或扭曲呈波浪状，菌盖不能形成，只有很小的一点或有明显的冰凌状条纹。这是由病毒感染所致，应用病毒K、病毒A、消菌灵喷雾或涂抹防治。
2.花椰菜形平菇的子实体原基不断增大，小柄强烈分杈，形成如同花椰菜的半球状。这是由于栽培环境中二氧化碳浓度过高、空气湿度接近饱和所致。应加强通风，降低二氧化碳浓度和空气湿度。
3.珊瑚形平菇菌柄不长粗或不形成菌盖，而又继续重复分权，结果形成珊瑚状，颜色花白。这是由于二氧化碳浓度过高和光照太弱所致，应加强通风，改善光照条件。
4.豆芽菜形平菇菌柄细长，菌盖极小或无菌盖。这是菌盖形成时温度太低、且持续时间过长所致。所以在菌盖形成期，如遇0℃左右低温，应设法增温保暖。
5.粗柄平菇菌柄粗长，呈水肿状，菌盖畸形、很小或无菌盖。这是由于平菇子实体分化期遇高温、光照偏强和二氧化碳浓度过高，物质代谢受干扰，引起疯长所致。应通风降温，改善光照条件。
6.菇体皱缩干枯平菇生长瘦弱，子实体呈黄白色或淡黄褐色，菇体从顶向下萎缩干枯。这是由于培养料缺水或空气湿度过低所致，应及时给培养料补水。
7.形状不规则平菇的平切原基形成后，不分化形成菌柄和菌盖，而长成不规则菌块，后期菌盖扭曲开裂并露出菌肉。这是由于敌敌畏、速灭杀丁等农药用量过多所致，应少用或不用农药。
