用菌出菇棚在每一个栽培季节完成后，必须要进行消毒和灭虫处理，这是因为食用菌生长于开放环境，会有多种杂菌和虫害的发生，棚内小环境自然就积累了多种有害生物。简便易行、安全有效的处理程序和方法如下：
（1）揭棚暴晒。这是大棚用后处理的第一步。揭棚暴晒可以一方面使棚内有害生物随风扩散，种群密度变小，另一方面干燥和紫外线可以杀灭霉菌等主要为害食用菌的杂菌，也可使一些昆虫的卵干燥而死。有条件的情况下，出菇（耳）结束后，马上清棚、清扫，立即揭棚晾晒，直至晒到下茬使用时。
（2）用石灰水喷洒或涂抹。石灰是强碱性物质，对为害食用菌的多种霉菌具有很好的杀灭和抑制作用，而且属于非化学合成物质，环境友好。病害严重的可密闭硫磺熏蒸，用量为50克/米2。
（3）更换表层土。连年栽培数茬的大棚，地面会有较多的有害生物和有害物质积累，影响下茬食用菌的生长，特别是发酵料半开放栽培的种类。挖掉10~15厘米深的表土，更换干净的新土，对于减少下茬病虫害的发生有显著效果。
（4）杀虫。病虫害发生严重的大棚，清棚前要密闭杀虫。具体方法可以使用5%氟虫腈（锐劲特)1000倍液喷雾，每100米2喷雾量为15~20克，特别要注意对缝隙、墙角等处药物的喷洒，保证灭虫无死角。喷药后密闭3天将废料运出，有必要的可以进行二次灭虫。
