食用菌生产栽培管理要把握以下原则：一是确保原材料的安全性，包括作为培养基质的木屑、棉籽壳、麸皮、作物秸秆、覆土材料及各种添加成分的安全性，杂菌污染后的原材料，污染的部分不可重新用于栽培，以防有害成分的积累；二是所选择栽培场所的环境卫生和水质标准应符合食品生产的环境、水质要求，直接喷洒在菇体上的用水要符合饮用水标准；三是病虫防治和生产、加工环境治理要贯彻以防为主，决不允许向菇体直接喷洒农药。不得不使用药剂时，要选用低毒高效的生物试剂，且使用药剂的时间，剂量应遵循农药安全使用标准。空间消毒剂提倡使用紫外线消毒和75%的酒精消毒。具体措施如下：
1、栽培埸周边环境选择。食用菌栽培埸应选在远离可能造成污染的地方，周边环境符合食品卫生要求，对人体健康无危害，没有污染源和尘土，在城镇周边选择栽培埸，更要注意远离人口密集的居民点和公路主干道，还要防止城市生活垃圾有害废气、废水及过多的人群活动造成的污染。
2、地形地貌的选择。食用菌栽培埸的理想埸所应选择在坐北朝南、地势开阔、水源干净、栽培资源丰富的地方，有利于空气的流通和好气性食用菌生长繁殖。
3、原材料的选择。现有人工栽培的食用菌均是腐生菌，采用农林下脚料为主原料配制成培养基进行栽培。选用无公害原料是防止食用菌产品污染的重要基础环节，对于以木屑为栽培主原料的，应事先进行原料安全性检测，若农药残留超标，可采用浸水、发酵等方法减少残留含量后使用；以粪草为栽培主原料的，受污染的机会较多，如农药残留、重金属镉等，应在栽培前对各种原料中相关成分进行必要的测试，选用危害成分含量低的原料为培养基质。
4、原料加工及配制过程的控制。严格控制加工环境，不使原料加工过程中受到有害物质的入侵，如在加工粉碎过程中要防止有害油污混入，防止含有芳香树种木屑混入；培养基各成分应都是安全的原料，严格按培养基配方配制，不可随意加入自认为可增产的成分，如化肥、营养剂等，使用的工具、机械应是安全卫生的用具。
5、栽培品种和栽培模式的控制。目前可人工栽培的食用菌和药用菌近50种，还有近百种可驯化为人工栽培的种类。由于其菌丝生长的适宜温度、湿度、生长速度各有差异，对外界物质分解的速度和同化能力也各有区别，有的品种对某些金属具有较强的富聚能力，有的品种本身代谢中就有甲醛产生。若对某些成分有特殊要求的产品，应考虑食用菌各品种营养代谢的特性。平菇类较易富聚重金属，且各品种间这种富聚能力有差别。栽培模式与造成污染的相关性也不可忽视。对于覆土栽培的种类，应控制覆土材料的安全性。
6、栽培管理过程的控制。主要是水质质量控制和采收用具的卫生，对直接喷在子实体上面的水质，一定要符合饮用水的标准，对于浸泡菌袋的水质至少要符合禽畜饮用水标准，对于采收用具应符合食品原料卫生要求，包括采收人员卫生健康，特殊种类采收时应戴专用手套等。
