一、菌丝发黄萎缩：接种后10－15天，菌丝逐渐发黄、稀疏、萎缩，不能继续往料内生长。
1、发生原因：①培养室内温度高，通风不好，袋与袋间排放过紧，影响空气流通，料温往外散发困难，菌丝受高温伤害。②料过湿且压得太实，透气不好，菌丝缺氧。③灭菌不彻底，料内嗜热性细菌大量繁殖，争夺营养，抑制菌丝生长。④培养室通风不好，二氧化碳浓度高。
2、预防办法：①培养室的温度保持20℃左右为好。袋与袋间要略有间距，便于料温发散。高温天气，做好通风降温。②掌握好料水比例。装袋做到松紧合适，发现料过湿时，可将袋移至强通风处，菌丝长过肩的菌袋可松开绑绳。以通气降湿。③培养料常压灭菌，在100℃保持10小时可防止细菌污染现象发生。
二、发菌后期菌丝生长缓慢，迟迟不满袋
1、发生原因：①袋内不透气，菌丝缺氧，多见于两头扎口封闭式发菌培养。②温度偏低，菌丝生长很慢，或停止生长。
2、预防办法：①采用封闭式发菌培养时，当菌丝长入料3～5厘米时，将袋两头的扎绳解开，松动袋口，透入空气，或采用刺孔通气补氧。②保持适温培养，室内温度不低于18℃。
三、菌丝未满就出菇
1、发生原因：菌丝培养温度过低，温度适合出菇。
2、预防办法：适时栽培，低温栽培时，要加温培养菌丝，使温度维持在18℃以上。
3、防治方法：①适时发菌，缩短发菌时间，减少料面水分蒸发；②适时撑开袋口；③发现料面失水，及时给予补充水分。
