1、菇蝇又称菌蛆，主要取食子实体造成隧道而影响品质，且造成的伤口还很容易被病菌感染而腐烂。防治菇蝇，在不同时期应采用不同方法。出菇前有菌蛆大量发生，可用敌敌畏按0.9公斤/100平方米的量进行熏蒸，同时在每个培养块上再喷0.15公斤的1％氯化钾或氯化钠溶液（可用5％食盐水代替）；出菇后有菌蛆为害，可喷鱼藤精、除虫菌酯，烟碱等低毒农药。此外，还应加强通风，调节棚内温湿度，达到防治目的。
2、菇蚊以幼虫期为害最大，除在培养料表面蛀食外，有的还结网罩住菇蕾，使菇体不能正常生长。防治方法：采收后喷500～800倍的敌百虫，同时，在菇棚门和窗口处加上尼龙纱以防成虫飞入产卵、繁殖为害。
3、菌虱是一种螨类，主要取食子实体和菌丝造成危害。防治时首先应杜绝虫源侵入菇棚，因其主要来源于仓库、饲料间的各种饲料里，所以利用仓库、鸡舍等作为养菌室时要彻底消毒，并用石灰刷墙，使用前再用敌敌畏熏蒸1次；培养期间发现菌虱可用棉球沾50％敌敌畏悬挂熏蒸或喷施1％硫酸尼古丁溶液，也可用猪骨头等带腥味的东西喷上亚硫磷等农药后放在培养块附近，把菌虱引诱上去，再取出后烧掉。
4、线虫是一种无色的小蠕虫，幼虫侵害菌丝体和子实体，开始时菌盖变黑，以后整个子实体全变黑腐烂并有霉臭味。防治方法：蒸料时要使蒸汽充分接触培养料，以杀死全部线虫。出菇后，可用50毫克/公斤的硫化锌喷施培养块来防治。
5、跳虫又名烟灰虫。常分布在菇床表面或潮湿的阴暗处咬食子实体。出菇前发生可用1∶1000倍的敌敌畏加少量蜜糖诱杀，或用亚砷酸制剂或有机磷制剂涂于地瓜片上进行诱杀。出菇后一般不能直接使用农药，可利用新鲜桔皮0.25~0.5公斤切成碎片，用纱布包好榨取汁液，加入0.5公斤温水之后用1∶20的比例喷施2~3次，防效可达90％以上。
6、蛞蝓俗称鼻涕虫。其畏光怕热，白天躲在砖、石块下面及土缝中，黄昏后陆续出来取食为害。防治方法：米糠或豆饼加入2％砷酸钙或砷酸铝制成毒饵诱杀，也可用15~20倍氯化钠溶液地面喷洒驱除成虫。晚上9～10点可进行人工捕捉。
7、蓟马成虫黑色，体小，身体略扁，复眼突出，若虫桔红色。主要吸取菌体汁液，严重时可导致菌体萎缩。防治方法：用40％乐果乳剂1500~2000倍液喷雾，或90％敌百虫、50％马拉硫磷1000~1500倍液喷雾，防效可达80％~90％。
8、蝼蛄用毒饵诱杀效果最好。其配方为敌百虫50克，米糠或麦麸1500克炒香，糖50克，白醋250毫克充分混合后撒于地面上，蝼蛄、蚊类食后立即死亡。
9、其他害虫伪步行虫、蛀板虫、四斑丽钾等可用鱼藤精500~800倍液喷雾或80％敌敌畏1000~1500倍液喷雾，都可取得较好防效。白蚁是南方一大害虫，主要为害茯灵等菌类。挖巢灭蚁是避免或减少白蚁为害的有效方法。另外还可用臭椿树枝法，就是将菇棚周围挖一小沟，把新鲜臭椿树枝均匀地放在沟内，用土盖上，对白蚁有很强的驱避作用。
