莲的适应性强，对于一般的病虫害尚能抵抗，但若病虫害较多，则会影响莲的生长发育。
病害
腐烂病（根腐病）：初期叶片上发生黑褐色斑点，以后逐渐扩大，最后引起腐烂，继之叶柄、藕节、根茎相继腐烂。防治方法：可用托布津800倍液或65%代森锌600倍液喷施，同时应摘除病叶并烧毁，保持水质清洁，水旱连作。
黑斑病：初期叶面上出现不规则褐色病斑，略有轮纹，后期病斑上着生黑色霉状物，常几个病斑连在一起，形成大块病斑，严重时整株枯死。防治方法：发病初期及时喷洒50%多菌灵或75%百菌清500～800倍液进行防治。
虫害
大蓑蛾：又称袋子虫，6月中旬孵化的幼虫，爬在附近枝叶上吐丝下垂，随凤传播至荷叶上，吐丝做袋，并咬啐叶片粘附在袋外，携袋爬行，伸出头咬食荷叶和蕾柄，严重时，可将荷叶食光。防治方法：90%敌百虫1500-2000倍液加青虫菊800倍液喷杀，以在7月初二龄虫以前防治效果最佳。
莲缢管蚜：以若虫或成虫群集于浮叶和立叶的叶芽、叶背及花蕾上吸取汁液为害。主要发生在5-9月，防治方法：可用40%乐果乳剂2000-2500倍液或2.5%鱼藤精500倍喷杀。
铜绿金龟子：成虫夜间飞至荷叶上咬食，以夏季为害最烈。防治方法：可利用其趋光性和假死性，设灯光诱杀，人工捕杀，也可用90%的敌百虫1500-2000倍液喷杀。
黄刺蛾：幼虫危害荷叶，幼虫的刺毛有毒，皮肤触及后，立即可引起红肿剧痛，可用90%敌百虫1000-1500倍液加青虫菌800倍液喷杀，还可摘除虫叶，灭除荷花周围贴附在树枝、树干下部的越冬虫茧。
斜纹夜蛾：初孵幼虫群集叶背啃食叶肉，留下表皮和叶脉，被害叶片好象纱窗一样，呈灰白色。幼虫稍大后即分散食害，将叶片咬成缺刻，并能咬食花蕾和花，每年以6～10月为害最重。防治
方法：及时摘除虫叶销毁，同时在幼虫群集为害时，于傍晚喷洒甲胺磷1000倍液防治。
稻根叶甲：幼虫为水蛆，吸吮茎、叶和梗的汁液，致使荷叶发黄，可用石灰驱杀。
