一、水质问题
目前锦鲤的家庭养殖用水以自来水为主，有些地区的自来水水源水质较差，水厂在处理的时候用了大量的消毒剂和清洁剂，换水后鱼体不适应就会中毒，所以才有换水前晒水、曝气等水处理环节。水中的氯是引起鱼体中毒的主要原因，在换水的过程中应尽量采用逐级递加的方法，分几次完成换水，并适当投放硫代硫酸钠除去水中的余氯。
锦鲤喜欢在硬度低的水质环境中生活，软、硬水都可以养锦鲤。一般情况下，自来水是软水，地下水（泉水、井水）是硬水，运输鱼种或养殖锦鲤过程中应避免突然由软水移入硬度较大的水中，以免鱼体产生过敏反应。
水色在一定程度上可以反映出水质的好坏。嫩绿色的水体相对水质较好，日常的及时排污，或定期往养殖水体中添加光合细菌可以保持水色清爽。
二、环境的温差问题
虽然锦鲤在水温2～30℃都可生存，但对瞬间水温的急骤变化适应性极差，温差超过3℃就很容易猝死。
在鱼苗买回来之后，不能马上往鱼缸或其他养殖水体里放养，一般要先将锦鲤苗连同装鱼的袋子一起放在待养的水中20分钟，然后缓慢往袋子里注入新水，把原来鱼苗袋子里的水逐渐换掉。这个过程俗称"温苗"，可以有效地减少鱼苗由于温差引起的猝死。
在养殖中也要防止水温的骤变，家庭养殖中，在天冷时（特别是北方地区）如果要应急换水，可以先用热水器将新水加热，缓慢注入鱼缸，并用温度计实时测量温度的变化。
三、排泄废物引起的中毒
由于锦鲤的代谢作用，排泄的废物和残饵沉积在水体中，这些废物中经各种途径产生的亚硝酸盐、氨氮、硫化氢等有害物质溶解到水体，不断积累后使锦鲤体质下降并中毒。有害物浓度过高时，锦鲤的活动能力减弱，并浮到水表面，体色变淡，继而出现大量的死亡;这些有害物质的积累不单会使锦鲤中毒死亡，还会滋生大量的各种病菌，这也是发生鱼病的主要原因之一，解决问题主要有以下几个方面：
1.慎选饲料
有的饲料在生产的时候加入了变质的动物骨粉和尸体，这些饲料投喂后容易产生氨化物，所以在购买时不能选有腐香味的饲料。
2.控制投饵量
投饵量的控制，是养好锦鲤的重要环节。超量投饵产生的残饵不仅会造成浪费，还会引起腐烂，产生有害物质，威胁锦鲤的生存，也不利于保持锦鲤的体形。一般投饵应控制在10～20分钟内鱼吃完为度，饵料的投喂不能过量。可通过锦鲤的粪便来观察投喂是否过量，如果粪便变硬则说明投饵过量。投喂的次数最好是上、下午各一次（夏季应在上午投喂饵料）。混合鱼粉和麦芽的饲料较易消化，饵料中也可以掺入几片养酶生助消化。
3.适当加盐
加水时新水按0.2%～0.3%加盐既可以抑制部分有害细菌的生长，也可为鱼本身的正常代谢提供盐分，减少废物的产生。
4.加入微生物分解水中的污染物
硝化细菌、光合细菌、枯草芽孢杆菌等微生物可以分解锦鲤粪便和残留的饵料，使病菌失去营养。定期泼洒这些有益的微生物能有效降低水体中亚硝酸盐、氨氮的含量，所以又被称作"净水细菌"。
净水细菌在使用的时候要注意掌握水温在23℃以上;pH值在7.0以上，酸性水体不利于净水细菌的生长。净水细菌是活体细菌，药物对它有杀灭作用，不可与消毒杀菌剂同时使用。如果必须使用杀菌药剂或治疗鱼病的药剂，需等施药至少一星期以上再使用净水细菌。使用光合细菌还要注意阴雨天勿用，使其在水中形成优势群落，发挥最佳效果。此外，若要同时放养不同的净水细菌应该注意细菌之间的共容性。例如：硝化细菌和光合细菌不适合同时放养在同一水族箱内，因为它们净化水质的过程互有抑制作用，可能会降低其净化效果。
5.加强过滤箱的清洗
养殖过程中一般每天要清洗1～2次过滤箱。清洗时要将循环泵关闭，打开过滤箱的排水管，完全排空整个箱，然后再用分离泵冲洗过滤材料上的污物。如果过滤箱中的污物积累过多，细菌又不能及时分解这些污物时，水就变得浑浊，并产生泡沫。这些泡沫主要是由于细菌、有机质、氨氮废物含量过高造成的。
四、缺氧引起锦鲤死亡
锦鲤对溶氧比较敏感，水体中绿藻、青苔的大量繁殖会影响溶氧。水族箱尽量避免放在窗台上，要严格控制光照时间，以一天8～10小时为宜，不要连续使用13小时以上，这样会引起水草的猛长，造成水中氧气不足。青苔的死亡和水草在非光照下排放的二氧化碳、硫化氢气体，还会污染和毒化养殖水体，导致锦鲤的死亡。没有培养净水细菌的鱼缸可以安装紫外线消毒器杀菌、杀藻。
另外，养殖水温不宜过高，水温越高，锦鲤的新陈代谢耗氧越多。
五、跳缸造成外伤致死
锦鲤跳缸也是常见的非正常死亡原因之一，锦鲤是爱跳的鱼，而且力气猛，鱼缸顶部最好有个保护，如果缸顶棱角多，要用玻璃或软板挡住。水族箱养殖时切勿骤然开关箱顶的照明设备，否则锦鲤容易受到惊吓，跃出水面碰到箱盖或箱壁而造成外伤。
