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(1) 污染 组织培养过程要求比较高的无菌环境，组培过程中常受真菌、细菌等微生物的侵染而在培养容器中滋生，影响培养材料的正常生长和发育。在培养的各个环节都必须注意充分消毒灭菌，接种器具、接种材料、操作人员在接种操作前都应按要求严格灭菌，包括使用过的接种瓶、瓶塞等都要认真清洗、灭菌后才能再次使用。接种室、培养室、超净工作台应定期用福尔马林熏蒸，经常用紫外灯照射灭菌。
图为：核桃
(2)玻璃化 玻璃化是试管苗的一种生理失调症状，表现为试管苗叶片、嫩梢呈水浸透明或半透明状，叶片变小、畸形。玻璃苗生根困难，移裁后不易成活。它的出现使试管苗生长缓慢、繁殖系数下降。造成试管苗玻璃化的因素主要有培养基的琼脂和蔗糖浓度、培养温度、生长调节剂液度、培养瓶内的乙烯浓度、光照以及培养基中的含氮量等, 在培养过程中应予以注意。
(3)褐化 核桃的各种组织中酚类物质含量较高，在组织培养过程中，组织中的多酚氧化酶被激活，酚类化合物被氧化形成褐色的西最类物质。西昆类物质与蛋白质聚合，引起其他確系统失活，导致代谢紊乱，生长受阻。褐化现象较为严重，是核桃组培繁殖的一大瓶颈问题。
一般常用的防止褐化的措施有：选择幼嫩的外植体，分生能力强，酚类物质含量低;选择适宜的培养基;在不影响正常生长和分化的前提下，降低温度，减少光照;在培养基中添加抗氧化剂或吸附剂，如抗坏血酸、硫代硫酸钠、柠檬酸、聚乙烯吡咯烷酮、活性我等。
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