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仔猪断奶后腹泻的病因复杂，最近20年来的研究表明，饲粮因素是引起仔猪断奶后腹泻的主要原因。理由是：①健康仔猪胃肠道内一般都存在一定数量的病原微生物(病原性大肠杆菌与轮状病毒等)。②将分离病原性微生物引入未断奶仔猪和不补饲或充分补饲的断奶仔猪的胃肠道，并未都引起腹泻。③肠道病原微生物的增殖与断奶后腹泻并无必然联系。④在无病原微生物存在或增殖时，断奶仔猪仍能发生腹泻。⑤断奶未引起肠道损伤，仔猪则不发生腹泻，虽然仍能从仔猪粪便中检出病原性大肠杆菌。⑥实践证明，抗生素对于防治仔猪断奶后腹泻并非是完全有效的。
图为：母猪
(1)饲料蛋白质抗原引起的过敏反应：Miller等(1984年)首次提出早期断奶仔猪的“腹泻过敏理论”，人们开始对早期断奶仔猪腹泻原因有了新的认识。断奶前较少接触饲料的仔猪，断奶后发病更为严重。
(2)饲料中的抗营养因子：抗营养因子是植物代谢产生的并以不同机制对动物产生抗营养作用的物质。其主要表现为降低饲料中营养物质的利用率，影响动物的生长速度和健康水平。
抗营养因子普遍存在于植物界，这是自然界长期选择的结果。 一种植物可以含有多种抗营养因子，如大豆中含有蛋白酶抑制因子、植物血凝素、脲素酶等多种抗营养因子。同一种抗营养因子也可以存在多种植物中。如单宁存在于高粱、油菜子、蚕豆等植物中。
抗营养因子作为一种“生物农药”可以保护植物及其种子免受霉菌、细菌、病毒和鸟类的侵害，但对动物是有害的，主要是降低蛋白质的利用率。
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