化肥是以供给棉花养分为目的，而施用微生物肥除向棉花提供养分外，重要的是增加根层土壤有益微生物菌群，改善土壤微生物区系，改善团粒结构，调整土壤物理性状、生物性状及化学性状到最适比例，从而达到提高土壤肥力的目的。棉花施用微生物肥分育苗肥、基肥和追肥。
　　育苗肥 采用育苗移植方法的棉花，配制育苗营养土时，每立方米营养土中可加入生物有机肥5千克，有利于防病壮苗。
　　基肥 在有一定保肥能力的棉田，亩用生物有机肥50千克做基肥。
　　追肥 棉花花铃期亩用黑加白生物肥20—25千克追施。土壤肥力较差，质地偏沙的棉田应增加施肥量。此外在棉花生长的中后期，亩用微生物菌剂1千克，兑水20千克，搅拌均匀后静置1小时，取其上清液配合锌和硼肥叶面喷施，能促进棉花植株生长，增强棉株抗御能力，减轻黄枯萎病的发生危害。