畸形菇是平菇常见的生理性病害，严重影响产量、质量，甚至可使平菇完全丧失商品价值。畸形古主要是因管理不当，少数是因菌种退化、变异、病毒感染。
畸形平菇
畸形菇类型：1.高脚菇：菌盖小，分化较差，菇柄较长。原因是在平菇的原基形成及分化期，菇房缺氧，光照不足，同时温度偏高，菌盖的正常分化和发育受到影响。防治方法：加强通风，调节光照和温度。
2.瘤盖菇：菌盖边缘有许多颗粒状突起、色浅，菇盖僵硬，生长迟缓，严重时，菇盖分化较差，形状不规则，原因是平菇发育时温度过低，持续时间长，导致内外层细胞生长失调。防治方法：将菇房温度保持在平菇生长最低温界限以上，并有一定温差，促进菇体生长、发育、分化。
3.菜花菇：菇形象菜花，多分枝，初期原基呈蛋形，膨大、隆起、不分化。后期有多分枝。原因是出菇前或出菇期间，菇床或菇房喷洒了高浓度农药特别是“敌敌畏”，幼菇极敏感，易引起病害。也可能是菇房中的二氧化碳浓度过高、有二氧化硫等。防治方法：菇房慎用农药，使用时，浓度不可高。尤其出菇期，绝不允许用敌敌畏，加强通风换气、排出有害气体。
4.萎缩菇：菇体初期正常，在膨大期即泛黄、水肿状或干缩状，而停止生长，最后变软腐烂。原因是湿度过大或有较多水直接喷在幼小的平菇上，使菇组织吸水，影响呼吸及代谢而导致平菇停止生长死亡。干缩状是因湿度较小，通风过强，风直接吹在平菇上，平菇失水而亡。或平菇的培养基营养失调，形成大量原基后，有部分迅速生长，其余平菇则因营养供应不足而停滞。防治方法：控制湿度在80～85%，不要直接向幼小平菇喷水，不让风直接吹在平菇上。培养料成分合理配比。
5.珊瑚菇：平菇原基分化不正常、松散、多细小分支，形状象珊瑚。原因是原基发生时，严重通风不良，光照极弱，氮源欠缺。防治：加强通风和光照，调节碳氮比例，添加氮源。
