盆栽金桔与园栽金桔在栽培方法上有较大的区别，修剪方法也有其自身的特点。3月以后金桔的大部分果自然脱落，将剩下的果人工摘去，以节省养分，同时，疏除过密枝、交叉枝、部分徒长枝和内膛不见光枝。对保留的1年生枝实行重短截，每枝留2～3个芽，剪口芽留外芽，以使树冠开张，通风透光。
在花果期注意疏花、疏果，保留先开的花，去掉晚花、弱花。一般5～6月开的花座果率较镐，应多保留。7月后的花果去掉。
（一）盆栽金桔的基本修剪方法：其基本修剪方法也采用短截、抹芽和疏剪等。短截是为了解决其自然生长而形成的主枝不明、骨架软弱、树冠杂乱等问题。盆栽金桔叶片寿命只有1～1.5年，比园栽金桔叶片寿命1.5～3年为短，短截可不断促发新梢，保持一定数量的新叶，以免老枝内膛空虚。新梢先端抽发的枝条多而密集，短截先端密集枝，可使枝梢健壮，树冠紧凑圆整，不易出现枝条下垂。
通过对弱树、弱枝重短截和强树、强枝轻剪，“抑强扶弱”，可以调整树势。通过短截（剪）留芽定向、定位培养枝梢，起补空填缺的作用。
短截的程度分重短截和轻短截两种。春季萌芽前的短截，可培养骨架枝和促使抽发较强的枝梢。有时为了培养健壮的主枝，可重剪到上年或前年的枝上。剪顶轻短截只将枝梢顶部剪去数节，主要用于对当年新梢的促壮等。
抹芽要尽早进行，若已抽梢且枝条长得过长，则应注意保护基部的复芽，以免影响萌发。疏剪用于疏删密枝；剪除枯枝、病枝，使树冠枝梢分布合理、均匀，疏剪也用于对徒长枝的处理，以均衡树势。
（二）修剪枝术：有苗期修剪和结果树修剪之分。
1、苗期修剪：这是为了培养骨架枝，以形成树冠。嫁接苗第一次梢老熟后留10厘米左右重剪，以培育主枝。主枝老熟后，在未抽发新梢前应再次进行修剪，以促长新梢。修剪的同时要加强肥水管理，力争当年发多次梢。最后1次秋梢要使其抽发整齐。经过修剪，第二三年即能结果。
2、结果树修剪：从春到秋各段枝梢都可连续在各叶腋抽发结果枝，即当年可长结果母枝，当年形成花芽，当年开花结果。为使盆栽金桔在春节期间果实成熟，以供赏果，必须使其在5月下旬至6月上旬抽生夏梢，并形成花芽，当年开花结果。
为使夏梢抽发适时整齐，通常须修剪3次。第一次春梢萌发前在二级、三级枝上短截，剪留10～20厘米，以促抽生大量健壮的春梢。修剪宜在雨水至惊蛰间进行。第二次修剪是在一次梢萌发后约60天，即春梢基本老熟时修剪，剪留15～20厘米。第三次修剪在二次枝剪后约50天，对二次梢轻微剪顶，促其抽生整齐的夏、秋梢，以扩大树冠。
