顶新棉籽全进口，却列名“国产有机质肥料品牌推荐名单”，有机栽培是否可用？
顶新近三年进口9百多吨棉籽，许多立委质疑棉籽油流向，农委会官员初步追查，顶新进口棉籽只有流入饲料和有机肥料，请人民放心。不过国际上有七成棉花是基因改造，但国内进口棉花及副产品却不需任何查验登记，以此棉籽制作之有机肥料，是否可用于有机栽培？农委会官员没有明确回答。台大农艺系教授郭华仁批评，国外不管饲料或食用，早就建立基改棉花进口数据库，台湾政府严重失职。
农委会追查，顶新进口棉籽未提炼棉籽油
顶新本月3日被爆出买大统油加在橄榄油里，前天农委会又证实，顶新近三年进口962公吨棉籽，其中223公吨初步粉碎压出后，卖给下游厂商当饲料，739公吨制成肥料，但多位立委质疑，顶新不可能白白浪费榨出来的棉籽油，怀疑是否已流入市场。
农委会主委陈保基昨在立法院答询时表示，农粮署到顶新查厂时，并未发现储油桶及炼油工具，比对进口和生产数据，初步判断顶新没有炼制棉籽油。农粮署农业资财组组长翁震炘表示，为求保险，已经派人采样顶新末端肥料的棉籽油脂含量，进一步确认进口和生产是否有出入，检验结果最快今天中午出炉。
业界吁尽快给出明确标准，从上游把关资材
主管机关自相矛盾，许多有机农民也无所适从。有机验证单位透露，这个问题在有机界早就议论纷纷，由于法令规定不明确，有些验证机关会劝告农民不要使用基因改造的肥料，违者会警告或开单，但如何规定，还是得靠各家验证业者自由心证，“有机是一种精神，和基因改造有点抵触。”
某肥料厂工作人员则表示，在国外，有机的精神着重在环境保护，目标是将本国的农业废弃物降到最低，基改非基改并不是唯一的选择标准；有机芭乐农友谢美丽也表示，自己虽很少用有机肥料，但不会完全否定含有基改作物的肥料，会去请教农改场或教授专家，评估此肥料的疑虑和效果，目前市售的有机资材中，也不乏基改大豆榨成的大豆粕。
身兼农民与有机肥业者的曾国旗则说，有机肥料可分发酵堆肥或混合有机质，后者较有机会用到棉籽粕，但他认为，台湾有机质肥料资材取得不易，自己虽大部分用自家农场的米糠废弃物发酵，但有时仍不够用。政府法规若禁止有机农业使用基改资材，就要从源头好好管理，否则一旦通过海关防线，下游业者根本辨识不出来。
基改棉花未审核，农委会、卫福部互踢皮球
顶新进口的棉籽主要来自印尼、越南、澳洲，虽然没有流入食用市场，但国际上七成棉花是基因改造，和大豆、玉米、油菜，并列世界四大基改作物，但台湾每年进口棉籽油、棉籽、棉籽粕，却没有建立任何数据库。
台大农艺系教授郭华仁表示，由于基改具有风险，不论食用或饲料用，许多国家都根据“生物安全议定书”，先审核基改棉花的安全性，才开放进口，例如菲律宾不种棉花，仍然审核开放7项基改棉花，美国和日本则通过30项，中国则有8项，唯独台湾连一项都没评估，就贸然进口基改棉花生产国的棉籽产品，“政府严重失职。”
郭华仁说，“生物安全议定书”是一种预警系统，经过此评估，基改作物进口时都会附有相关文件，如此才能追踪流向，他质疑，基改大豆、玉米都要评估，为什么棉花不用？
根据卫生福利部规定，目前台湾共审核7种基改大豆、42种基改玉米可供进口， 但报关时不会分基改或非基改。食品药物管理署食品组组长蔡淑贞表示，大豆和玉米都是以食用为前提审核，但棉花相关副产品多半作饲料，只有棉籽油会食用，食药署只管食品，基改棉花、棉籽、棉籽粕是否需审核，要看农委会意见。
对此，农委会畜牧处副处长朱庆诚委婉表示：“尊重食药署看法，”但政府是一体的，目前以人民的健康福祉为优先，“连人吃的都没审了，饲料或肥料要审核，感觉怪怪的。”他说，目前海关没有另外订定基改货号，要求下游的饲料、肥料审核或标示基因改造，困难度太高，黄豆也是类似情况。不过若民众有需要，还是会参考其他国家经验，研拟如何审核基改棉花。