活化土地经费变休耕补贴，农委会被断水还得自己付钱
农委会近几年不断提倡“藏水于农”的概念，扭转农业是低产值、高耗水的印象，甚至委托台大研究水田公益，算出台湾稻田具有6座翡翠水库的地下水补注量，讽刺的是，这次停灌休耕支付给农民的30亿补贴，身为被断水的主管机关，农委会必须负担近一半，经济部二成，科技部科学园区只占一成。农委会坦言，未来会研议是否调整经费比例。
学者：受损害之农业不应再支付此费用
《水利法》第18条规定，用水顺序分别为：家用及公共给水、农业用水、水力用水、工业用水、水运、其他用途。但第19条另规定，“水源之水量不敷公共给水，并无法另得水源时，主管机关得停止或撤销第十八条第一项第一款以外之水权，或加使用上之限制。”不过若因此造成原用水人受有重大损害，由主管机关按损害情形核定补偿，责由公共给水机构负担之。
依据法的精神，农业用水排在第二顺位，就算要“共体时艰”，把水让给民生、工业，也必须由使用者付费。
然而，2007年农委会委托财团法人农业工程研究中心调查农用水调用机制，其成果报告《北部地区干旱时期农业用水调用机制之研拟》指出，2002年到2006年，五年间就出现四次停灌纪录、共补偿62亿元，其中农委会负担28.18亿元，相较水利署、自来水公司、国科会（现已升格为科技部），农委会平均负担45.6％的补偿金，主管民生用水的自来水公司仅负担 19.1%、主管科技园区的国科会12.1%。
报告认为，“比例分配非常不合理，基于使用者付费、受限者得偿之原则，受损害之农业不应再支付此费用，而应由用水人全额支应。”
然而，今年状况依旧没变，根据中央社27日报导，停灌补贴金额约30亿，农委会身为被断水的主管机关，却必须分担近一半费用，经济部负担20.95%、台湾自来水公司20.95%、科技部科学园区占13.12%。
对此，农委会农田水利处处长张敬昌表示，政府施政都是一体的，此笔经费来自活化休耕地的中程计划，休耕种绿肥每公顷补助8.5万元，农委会负担不超过4.5万，“过去已有这样的机制，且运行很顺利”，各部会应一起努力。
农粮署署长李苍郎26日接受上下游访问时曾表示，事涉国家经济，由行政院整合统筹，且已经补贴给农民了，工业区调拨农用水，也必须付一定的补贴费。经济部水利署发言人赖建信说，会邀科技部、农委会讨论分配。
研究建议，应设农业用水调度基金
财团法人农业工程研究中心建议，需调拨农用水的单位，应设置“农业用水调度移用作业基金”，统筹负责公告停灌所需的补偿费，初始基金由各相关单位筹应，后续可用旱季水价专款，或提高旱季水价支应。
至于分配比例，应秉持“使用者付费、受限者得偿”的原则，以过去各单位分摊的费用，扣掉农业单位，水利署、自来水公司、国科会应分别负担 41.5%、35.1%、23.3%，可用水资源作业基金、编列专款，或科学园区管理作业基金来补偿。
对此，张敬昌承诺，未来会和各部会检讨使用者付费的问题，或许可以加入“保险”观念，让其他需水业者多付一点钱，应付可能的缺水压力。
代耕、肥料、农药业者难界定，不予补贴
停灌连带影响到育苗、代耕、肥料、农药业者，不过农委会公布的补贴，只补助地主，以及育苗业者每公顷最多1500元，展延农机贷款偿还金额6个月。
张敬昌解释，代耕业者的流动性太大，很难计算其在休耕停灌的地上，到底一期工作了百分之多少，无法计算他们因为停灌带来的影响，且农民若要领到8万5千元，必须种绿肥，还是需付钱给代耕业者翻土，“这次补贴应已涵括80%受影响的人。”不过他承诺，农委会会再研究，思考有无更好的评估方式。
系列阅读：十年大旱缺水休耕系列报导
农业用水7成太浪费？农委会研究：农用水入渗地下水，每年可补注6座翡翠水库的量
休耕面积破4万公顷史上第二 重创水稻产业 农民：没配套措施逼大家革命