1菌种阶段的防治措施偏高的湿度条件对菌种生产极为不利。首先，一级种棉塞潮湿，使其灭菌阶段的含水无法蒸发掉，并通过呼吸继续吸收水分，受潮后的棉塞极易感染杂菌；其次，二级种的呼吸代谢力度不足，严重影响菌丝活力，表面特征是菌瓶周身似有雾气，如同水洗，菌丝纤弱无力；第三，三级种扎口处直接与外界相通，表现为菌丝纤细，生长缓慢，手抓菌袋有湿漉漉、沉甸甸的感觉。目前情况来看，前期以木霉和链孢霉为多，后期主要以毛霉、黄曲霉居多。该类杂菌，对以后的生产造成连续污染，尤其黄曲霉分泌的毒素是一种强致癌物质，对人体极为有害，引种者或生产者应十分注意。
1.1降温降湿菌种培养室空调器温度调控在25℃以下，并开启“排湿”功能，降低培养室空气湿度至70%以下；使用“大棚水温空调”的，应将风向、风力进行科学布置，并坚持每隔3天左右大换气1次。
1.2药物预防培养室内每5天左右喷洒一遍百病去无踪，以杀死随空气流动及人体带入室内的杂菌孢子。
1.3土法降湿培养室内墙角处放置生石灰块，使其吸收室内水分，藉以降低空气湿度。但生石灰分解时释放出大量热量及二氧化碳，因此，该措施实施的同时，必须同步实施降温、换气措施，以使室内空气清新。此外，木炭的吸水力较强，购买木炭置于室内，可将木炭表面喷洒百病去无踪进行杀菌处理，根据室内湿度情况，每5天左右更换1次。该材料可循环使用。
2栽培阶段的防治措施由于高湿度的影响，使得栽培发菌成功率大为降低，主要表现为发菌缓慢、菌丝无力、污染率高等。
2.1菌种脱毒、调配基料脱毒菌种可确保自身不携带病毒病菌，并有效提高抗性，这是生产的基础。研究证明，每250千克棉籽壳原料中，加入1袋食用菌三维营养精素（拌料型），即可获得菌丝旺盛、抗性提高、长速加快、污染率发病率大为降低等诸多效果。
2.2严格培养消毒培养棚内的彻底消毒杀菌，是发菌成功的重要保证条件之一。生产中对培养室（棚）内喷洒百病去无踪，密闭2天后即可启用，在发菌期间，每5天左右喷洒一遍百病去无踪或蘑菇杀病灵，是行之有效的预防措施。
2.3坚持通气排湿一方面，坚持晴朗天气的晚间和早上通风，使之空气新鲜；另一方面，培养室、棚内放置生石灰块，使之降湿，但应注意，在无空调降温的条件下，应采取诸如强制通风等措施，细心管理，以确保发菌的成功。
3出菇阶段的防治措施实践证明，对食用菌生产中的病害，转变传统重“治”轻“防”观念，坚持“以防为主，防治并重”的原则，即可收到事半功倍的防治效果。
3.1菇棚内外进行消杀在清理卫生的基础上，棚外喷洒800倍多菌灵、敌敌畏药液，既杀菌又杀虫。棚内使用百病去无踪杀菌，可按每20平方米地面使用1袋的用量，进行地毯式喷洒，环境较差、老栽培棚可连喷2次，曝晒2天后即可启用。
3.2发菌期间防杂防病拌料时加入菇病消（熟料栽培使用保成功）药物，抑杀杂菌效果好，药物残留低，一般每袋可拌50千克干料，即可有效降低发菌污染率。出菇阶段定期使用药物以保持良好环境。一般可使用百病去无踪或蘑菇杀病灵对菇棚进行预防性喷洒，每5～7天喷1次，抑制或杀灭后来的病原菌等，以保持环境的相对洁净。
3.3发现病害彻底杀灭上述措施配套使用，在环境日渐恶化的今天，仍难以保证100%不发病，因此，生产中应注意观察，发现菌袋有病菌迹象时，即应对患处使用消霉王等药物予以杀灭；当子实体初发病害，即应根据病症表现或病原菌品种予以用药，一般可使用黄菇一喷灵、蘑菇杀病灵等，切忌“病急乱投医”。
