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天麻栽培中常见病害有两种，一是霉菌危害，一是腐烂病危害。
腐烂病及其防治
天麻腐烂病由多种病因引起，种麻受到虫害、机械损伤或在不良高温高湿环境，易 被杂菌感染而引起腐烂，用护树将军喷施植株表面，消毒杀菌，防止病虫害侵染，提高植株抗病害能力，在加强田间的水分管理时要加入新高脂膜，防旱、防涝又保墒。
在天麻生长中后期用药材根大灵喷施植株表面，促使叶面光合作用产物向根系输送，提高营养转换率和松土能力，使根茎快速膨大，有效物质含量大大提高，提高品质。
防治措施
①注意调节温、湿度，提供密环菌生长的最佳条件，以抑制杂菌的生长；
②选择完整、无破伤、色鲜的白头麻 或水麻作种源，采挖和运输时不要碰伤和日晒；
③栽种天麻的培养料最好进行堆积、消毒、晾晒，把内部的虫、蛹及菌杀死，减少危害。
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