黄连的病害主要有白粉病、炭疽病、白绢病、虫害主要为蛞蝓，以下介绍其病虫害的表现及防治方法。
一、病害
白粉病：由真菌中的一种子囊菌引起。发生于5月下旬，6-7月较重。主要危害叶片。
防治方法：实行轮作；用庆丰霉素80单位喷洒2-3次；或用50%或70%甲基托布津1000-1500倍液喷洒3-4次。在发生初期防治1次，发生后期防治2-3次。
黄连白粉病（叶片 ）
黄连白粉病（果实）
炭疽病：5月初发生，5月中旬至6月上旬严重。危害叶缘，呈椭圆形浸水状斑。防治方法：实行轮作；苗床和1年生苗用1∶1∶100-150波尔多液或用代森铵800倍液加洗衣粉0.2%，在发生初期和盛期防治3-4次。雅连在海拔1900米以下山区发病较严重。发病叶片上产生油渍状小点，逐渐扩大成病班，边缘暗红色，中心灰白色，有时形成穿孔，叶柄基部发生红色病斑。严重时叶片凋萎，植株虽不死亡，但生长发育受到影响。
防治方法：采取高山低山秧苗互换栽培；勤除杂草，注意排水；发病前选晴天用1∶1∶200的波尔多液或65%代铵锌可湿性粉剂800倍液喷洒。
黄连炭疽病症状（急性）
白绢病：6月初发生，6月下旬至7月中旬危害较重。
防治方法：实行轮作；选无病植株作种，栽种前用50%退菌特1000倍液浸秧苗根部3-5分钟；整地时每亩用1.5-2.5公斤五氯硝基苯进行土壤消毒；挖除病株和病土，并用石灰消毒，再50%退菌特500倍液加石灰5%及尿素0.2%灌病株周围健株，防止蔓延。
黄连白绢病
二、虫害
主要为蛞蝓，3-11月危害，早、晚咬食嫩叶，甚至全部吃光。防治方法：冬季翻晒土壤；栽种前每亩用40-50公斤菜子饼作基肥；发生期于畦面撒石灰粉或喷洒3%石灰水；或用毒饵诱杀。
三、鼠害
地老鼠危害黄连根，1年4季均有发现。防治方法：人工捕杀；或用毒饵诱杀。
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