春季栽培的银耳多数是绿霉为害，也有部分根霉、毛霉污染，而链孢霉极少。绿霉、毛霉、根霉常发于菌袋接种穴边，或接种后9—10天当两穴菌圈接头时，在菌丝前端出现，或在袋壁出现。绿霉也在子实体上发生，使耳片霉烂。链孢霉多发于袋口扎缝隙。主要原因是料袋灭菌不彻底，无菌操作不严，袋膜破孔，菌种不纯带染、环境污染等。
银耳菌袋制作
避免银耳杂菌污染，做好几方面：
1、净化菇房环境：常清理环境，并撒石灰粉消毒：房内栽培前，严格消毒杀菌，杜绝污染源。
2、精选原辅料：棉籽壳、麦麸要求无结块、无霉烂变质，并置于烈日下曝晒杀菌，栽培袋质量事前检测。
3、规范菌袋生产：培养料含水量不超60％，装袋上灶时，不超6小时，防料变酸。灭菌要在100℃保持24小时，中途不降温。
4、坚持无菌操作：接种室需彻底消毒灭菌，选用合格消毒剂，可用超强型洁净精，每袋加水10－20千克，喷洒空间、架床、场地，然后用消毒盒，每立方米不少于5克，灭菌时间1小时。接种要求过精酒灯火焰。
5、菌种严格把关。精选菌种，春季银耳菌种的香灰菌丝要强些，避免接种后遇低温退灰影响菌丝生长。抄菌注意按种箱消毒，运菌防破瓶脱塞。
6、污染袋处理：污染袋区别处理：轻度污染，采取套袋扎口，控制蔓延，再灭菌接种；重者破袋取料，加1－2％石灰拌匀，闷24小时后摊晒，再用于下次栽培。被绿霉污染的子实体应提前采收，耳基用PH8石灰上液清液涂擦，控制蔓延。
二、消灭害虫：
1、菌蚊：主要是小菌蚊。防治措施：常清理环境，撒石灰粉消毒；门窗安装纱网，定期喷除虫菊液或抑太宝2000倍液；安装黑光灯诱杀。盛发期，限用低毒、低残留农药，如锐劲特3000倍液喷洒杀灭，也可点燃蚊香或用粉碎卫生丸熏蒸。
2、螨：又叫菌虱，品种多，常见蒲螨和粉螨。防治办法：原菇远离房料仓库，用前曝晒；环境保持干净；菌袋开口前消毒，提前1天喷洒3％克螨特3000倍液，再把室温调至20℃，关闭门窗进行空房消毒，再排除药味，启开胶布；生长前期的子实体遇螨害时，将鲜烟叶平铺在菌袋旁，诱螨紧集叶上，然后取出，用火烧死：也可将茶籽饼研成粉，炒至油香时出锅，撒在螨害处，诱集后取出，沸水烫死。在不得己情况下再喷洒20％双甲脒乳油1000－1500倍液。
银耳病虫害
3、线虫：防治办法：培养基灭菌彻底，水源应检测，菇房事先消毒，喷水不宜过湿，并注意通风。若菇房出现线虫，可用0.5％石灰水或1%食盐水在阴凉天喷洒2－3次，并撒石灰粉消毒。长耳期病斑洒滴1％冰醋酸或25％米醋溶液。
三、病害的防治：
1、白粉病：又叫白腐病，病源菌为顶孢头霉。防治办法：加强菇房通风降湿，幼耳发生时，可喷石灰硫磺合剂，并提前采收，用利刀连根刮除，耳基涂抹4％石炭酸溶液，傍晚用50％霉腐剂粉剂烟熏。
2、僵缩病：病原菌茄镰孢霉。防治办法：原料曝晒，配料含水量低于60％；穴口揭布前，喷洒50％敌敌畏乳油1000倍；割膜扩穴后，空间湿度不超80％；幼耳阶段发生时，可喷PH8石灰上清液，成耳期提前采收，并用5％石灰水浸泡清洗后再干制。
3、黑蒂头：防治办法：发菌培养不超28℃，适时开口，割膜扩穴增氧，促进菌丝正常新陈代谢；幼耳阶段，喷水宜少宜勤，不宜过量，防耳基旁积水：同时注意通风换气。
4、烂耳：防治办法：防培养基变酸，料袋灭菌后，注意散热，发菌培养防超温。银耳长耳阶段，控制23－25℃，及时通风，喷水适量，空间相对湿度85－95％。幼耳发现烂耳，及时摘除、挖基，涂擦石灰水后，再喷洒100％甲基硫菌灵1000溶液；成耳霉烂，提前采收，并涂沫25％福美双1500倍液，控制病原菌蔓延。
