鸡慢性小肠球虫病病变主要在小肠中段及十二指肠。肠管显著增大，可从肠管浆膜面看到大量粟粒大的红色出血点或灰白色坏死点。剖开肠管，可见肠黏膜发炎肿胀，表面粗糙，肠内容物为浓稠黏性渗出物，往往混有小的血凝块。
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