水稻抽穗扬花期感病，病菌为害穗上部分谷粒。初见颖谷合缝处，露出淡黄绿色块状物，逐渐膨大，最后包裹全颖壳，形状比健谷粒大3—4倍，为墨绿色，表面平滑，后开裂，散出墨绿色粉末。天气与稻曲病发生关系密切，连续多雨高湿的天气多，则稻曲病的发生就重，氮肥施用过多，造成水稻贪青晚熟，会加重病害的发生，病穗、病粒亦相应增多。一般要求用药两次，第一次全田1/3以上茎秆最后一片叶子全部抽出，即俗称“大打包”时用药（约距出穗时间5—7天左右），此时正是病菌的初侵染高峰期，所以，这时抓住时机及时用药，防治效果最好。第二次在破口始穗期再用一次药，以巩固和提高防治效果。 可选用井冈霉素、多菌灵、苯醚甲环唑·丙环唑等药剂按要求施用。