症状苗期、成株期均可发病。苗期染病发芽后出苗前受害可造成烂种;出苗后茎基部发生红褐色綳裂条斑，扩展缢缩造成幼苗死亡。潮湿时病斑上产生桔红色粘状物(病菌分生孢子)。子叶边缘出现圆或半圆形黄褐斑，后干燥脱落使子叶边缘残缺不全。棉铃染病初期呈暗红色小点，扩展后呈褐色病斑，病部凹陷，内有桔红色粉状物即病菌分生孢子。严重时全铃腐烂，不能开裂，纤维变成黑色僵瓣。叶部病斑不规整近圆形，易干枯开裂。茎部病斑红褐至暗黑色，长圆形，中央凹陷，表皮破裂常露出木质部，遇风易折。生产上后期棉铃染病受害重，损失很大。
病原ColletotrichumgossypiiSouthw.称棉炭疽菌，属半知菌亚门真菌。有性态为Glomerellagossypii(Southw.)Edgerton称棉小丛壳，属子囊菌亚门真菌，少见。子囊壳暗褐色，球形至梨形，大小100-160×80-120(μm)，埋生在寄主缚织内。子囊内含子囊孢子8个，单胞，椭圆形，略弯曲，大小12-20×5-8(μm)。无性态分生孢子着生在分生孢子梗上，排列成浅盆状，分生孢子盘有刚毛，刚毛暗褐色，有2-5个隔膜。分生孢子梗较短，其上可连续产生分生孢子。分生孢子无色，单胞，长椭圆或短棍棒形，大小9-26×3.5-7(μm)，多数聚生，呈粉红色。分生孢子萌发时常产生1-2隔，每隔长出一个芽管，芽管顶端生附着器，产生侵入丝侵入寄主。分生孢子萌发适温25-30℃，35℃时发芽少，生长慢，10℃时不发芽。适合发病土温为24-28℃，相对湿度85%以上。
传播途径和发病条件病菌主要以分生孢子在棉籽短绒上越冬，少部分以菌丝体潜伏于棉籽种皮内或子叶夹缝中越冬，种子带菌是重要的初侵染源。病菌分生孢子在棉籽上可存活1-3年，由于棉籽发芽始温与孢子萌发始温均在10℃左右，棉籽发芽时病菌很易侵入，以后病部产生分生孢子借风雨、昆虫及灌溉水等扩散传播。棉铃染病病菌侵入棉籽，带菌率30%-80%。发病的叶、茎及铃落入土中，造成土壤带菌，既可引发苗期发病，又可经雨水冲溅侵染棉铃，引起棉铃发病。
防治方法选用无病种子和进行种子消毒是防治该病的两个关键。(1)选用质量好的无病种子或隔年种子。(2)播种前进行种子处理。用40%的拌种双可湿性粉剂0.5kg与100kg棉籽拌种;也可用70%甲基托布津可湿性粉剂0.5kg与100kg棉籽拌种;还可选用70%代木锰锌可湿性粉剂0.5kg与100kg棉籽拌种，此外也可用1kg10%的灵福合剂与50kg棉籽包衣，均有较好的防治效果。(3)适期播种，培育壮苗，促进棉苗早发，提高抗病力。(4)合理密植降低田间湿度，防止棉苗生长过旺，并注意防止铃早衰。(5)发病初期喷洒70%甲基硫菌灵(甲基托布津)可湿性粉剂800倍液或70%百菌清可湿性粉剂600-800倍液、70%代森锰锌可湿性粉剂400-600倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、25%炭特灵可湿性粉剂500倍液。
