目前正是菇农制作高温菇菌种的关键时期，为了提高栽培的成功率和经济效益，在制作菌种时要防止杂菌污染。造成菌种污染的原因如下：
一、灭菌不彻底：培养料灭菌不彻底会造成杂菌污染，一般3-5天即可出现污染现象，而灭菌不彻底是由下列几个原因引起的：
1、灭菌时没有达到指定的压力和温度：一般杂菌的菌丝体与孢子经过1-2小时、压力1兆帕、温度121℃或常压100℃、6-8小时均能杀死。采用高压灭菌时，关键是把锅内冷空气排尽，否则，即使达到指定压力和温度也不能保证杂菌全部灭死。采用常压灭菌时，灭菌仓的周围最好砌成圆形，以便灶内升温均匀，灶顶砌成圆拱形，这样冷凝水沿四壁下流而不会打湿菌种瓶（袋）。另外蒸汽不足、温度不高等也是常压灭菌不彻底的因素。
2、培养料性质的影响：制种所需材料的种类、培养料中的含菌量、含水量以及酸碱度等都能影响灭菌效果。灭菌时，要根据培养料配方的不同，选择相应的灭菌时间。培养料配制完毕后必须及时灭菌，以免微生物大量繁殖，导致料内的含菌量升高，并且会造成料中营养损失。培养料内水分要均匀、适宜，这样灭菌效果好。培养料中应避免出现“夹心料”（培养料中含有未吸水的干料）。灭菌锅内的蒸汽对夹心料的穿透能力较弱，容易出现灭菌死角，达不到彻底灭菌。另外，培养料的酸碱度也影响灭菌的效果，偏酸的培养料比中性和偏碱性的灭菌时间要短。
3、菌种瓶（袋）堆放不当：菌种瓶（袋）在灭菌锅内的堆放形式可影响灭菌的效果。在排放时要留有一定的空隙，以便蒸汽的流通和升温。对菌种袋装的培养料灭菌时，由于塑料袋受热后容易变形变软，如装料不紧，叠压堆放时则菌袋之间的空隙会减少，影响灭菌的效果。
二、接种操作不规范：食用菌接种过程需要严格的无菌操作，如操作不规范则极易造成培养料的杂菌污染。杂菌一般是在接种室（帐）空气中、菌袋表面、以及接种人员的体表等。操作不规范引起培养料污染的特点是发生在菌袋开口处或接种点。因此必须严格按照无菌操作规程接种，并且接种前要进行严格的消毒处理。
三、原种中带杂菌：用于扩大繁殖的原种必须是纯菌种，这样才能保证菌种的单一性。如果原种本身不纯，可造成批量污染。其特点是接种后一批菌种集中污染，而且污染的部位在接种点，接种后3-5天即可出现。因此我们在制种时必须采用生活力强、菌龄适宜、抗逆性强的优良原种。
四、培养室不洁净：培养室不洁净、空气不流通、室内潮湿，也可感染杂菌。这种情况下刚发菌时污染率相对较低，但随着培养时间的延长，污染率会逐渐增加。大量污染出现比较晚，一般在接种10天后出现。
