（1）煤烟病。吴茱萸树受蚜虫、长绒棉蚧为害后，在被害处及其下部叶片、嫩梢和树干上，会诱发不规则的黑褐色煤状斑，受害处似覆盖一层煤状物。严重发病的植株，树势减弱，开花结果少。于5上旬至6月中旬为害严重。
防治方法：在蚜虫和蚧类害虫发生期可喷洒40%乐果1500～2000倍液或25%亚硫磷800～1000倍液，每隔7天喷1次，连喷2～3次;煤烟病发生期可喷1：0.5：150～200波尔多液，每10天左右喷一次，连喷2～3次。
（2）锈病。发病初期，叶片上出现黄绿色，近圆形的不明显小点，然后病叶背面有橙黄色微突起的小疮斑（为病原菌的夏孢子），随着叶片上病斑的增多，导致叶片枯死。5月中旬发生，6～7月为害严重。
防治方法：发病期喷0.2～0.3波美度石流合剂或25%粉锈宁1000倍液，每隔7～10天喷一次，连喷2～3次。
（3）褐天牛。又名蛀杆虫。幼虫从树杆蛀入，蛀食木质部，形成不规则弯曲孔道，内部充满蛀屑及粪便，每隔一定距离开通气排泄孔，把蛀屑及粪便排出孔外，以7～10月为害严重。
防治方法：5～7月成虫盛发期，可行人工捕杀，在产卵裂口处，用小刀刮取卵粒及初孵幼虫;幼虫蛀入水质部后，树干上有新蛀孔，可用药棉浸80%敌欣畏原液塞入孔内或800倍液灌注，并用泥封孔，幼虫窒息而死;可试用天牛肿腿蜂防治。
（4）桔凤蝶。幼虫咬食幼芽、嫩叶成缺刻或孔洞，三龄后食量大增，能将幼枝上的叶片食光。一年繁殖3～4代。以蛹附在树枝及其它附着物上越冬，翌年3月开始发生，5～7用为害严重。成虫白天活动，交尾后卵产在嫩叶上，孵化后，幼虫食嫩叶为害。
防治方法：低龄幼虫，可喷90%放百虫800倍液，每隔5～7天喷1次，连续喷2次，或用Bt乳剂300倍液，每隔10天喷1次，连续喷2～3次。
