百合灰霉病、炭疽病、疫病是百合科植物常发生的病害。如不及时防治，会造成减产。
（1）百合灰霉病亦称叶枯病，属半知菌类。主要发生在茎、叶、花上，多危害幼嫩叶顶端，使茎的生长点变软、腐烂。发生在叶部，则形成黄色或赤褐色斑点，周缘呈水浸状。天气潮湿，病部产生灰色霉状物。防治：于发病初期喷1:1:150倍波尔多液或代森锰锌600～800倍液，连喷2～3次。
（2）炭疽病属半知菌类真菌，主要浸染叶片、花、鳞茎。叶片发病，产生椭圆形、淡绿色、周围黄褐色的病斑，中央凹陷。鳞茎发病，外侧鳞片产生淡红色不整齐的病斑，病、健分界处明显，以后病斑变成暗褐色并硬化。防治：选无病鳞茎做种，栽种的鳞茎要消毒。田间发病可用50％多菌灵1000倍液灌根。
（3）疫病也是一种真菌病害。可浸染叶、茎、花、鳞茎。茎部受害，出现水渍状淡褐色病斑，逐渐向上、下扩展，造成茎部腐烂，叶片枯萎死亡。发病严重时，花、茎基、鳞片均可被害，导致全田被毁，高温多湿季节发病严重。防治：发病初期喷施25％瑞毒霉800倍液，以后喷施甲霜灵锰锌、疫苗灵等药剂，交叉使用效果较好。
（4）虫害山百合主要虫害是蚜虫。蚜虫常群聚于嫩叶、花蕾上汲取汁液，使茎秆萎缩，生长不良，开花结果受到影响。发生期喷施40％乐果乳剂800～1000倍液具有极好的防治效果。
