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基改疑虑未明，西方国家始终未通过主食作物的基改申请，不过美国农业部上周五通过Simplot公司的基改马铃薯商业种植案，由于这家公司是麦当劳薯条供应商，引发国际关注；我国马铃薯三分之二靠进口，卫福部表示，目前尚未收到任何基改马铃薯申请案，倘若未来真的开放进口，一定会要求散装的马铃薯、薯条明确标示。
根据美国《纽约时报》、英国《卫报》报导，马铃薯在高温油炸时，会释放出丙烯酰胺（Acrylamide），可能导致癌症，Simplot公司的基改马铃薯，不像其他基改作物，移植细菌或抗除草剂DNA，而是采RNA干扰方式，结合另一款马铃薯的基因片段，抑制某些基因，可在油炸时减少50%~75%丙烯酰胺，让薯条更健康。
这款马铃薯也能减缓运送时，因碰撞造成的外皮损伤，Simplot公司已经着手准备，申请加拿大、墨西哥、日本，以及其他亚州国家的输入许可。讽刺的是，这个马铃薯被取名为“天生马铃薯”（Innate potato）。
根据农委会资料，台湾马铃薯年产量6.3万吨，只占国人消费量三分之一，速食店里的薯条、加工厂做的洋芋片多从国外进口，因为台湾种出来的马铃薯形状圆短，温带的长条型马铃薯比较适合截切。
不过卫福部食药署食品组组长潘志宽表示，目前尚未收到基改马铃薯的申请，所有基改作物进入台湾，都必须遵照“基因改造食品安全性评估方法”，提交书面资料，交由“基因改造食品审议小组”评估健康风险，同时检验品系，安全无虞者，才能核发查验登记许可证，允许进口，资料完整度决定审核速度，不过整个工作期程约360天，只要厂商提出申请，食药署就会受理。
台湾尚未核准种植基改作物，不过允许输入的品系总共有71件，54件是基改玉米、其余17件都是基改黄豆，多半被植入抗除草剂基因，其中国际知名农药公司孟山都，就占了超过三分之一。
先前《食品安全卫生管理法》只规定，包装食品若含5%以上的基改成分，必须明确标示，今年修法后扩及散装食品，含基改成分也限缩到3%，不过须标示的食品种类、贩售地点，由食药署公告，初步锁定散装黄豆制品如豆浆、豆腐、豆花、豆干等等，2017年实施。
Simplot是麦当劳主要供应商，许多民众关心未来是否不知不觉吃到基改薯条，潘志宽表示，若Simplot公司取得查验登记许可，食药署也会连带制定边境查验和标示方法，由初步原料做成的产品，一定会优先要求标示含基改成分。也就是说，麦当劳若使用，未来必须在店里标示，此薯条含基改成分。
除了初步加工，台湾人常吃的冬粉，也经常使用精制过的马铃薯淀粉，取代较贵的绿豆淀粉，潘志宽说，马铃薯淀粉若含基改成分，未来应该也会列入标示范围，只是其精制成分较高，含基改片段少，公告顺序会比较后面。
虽然这款基改马铃薯标榜健康，不过台大农艺系教授郭华仁表示，丙烯酰胺的健康风险还不确定，国际上只证实动物吃了会致癌，人体则尚未有定论，“为了不确定的事情，引发另一种基改风险，这样值得吗？”
他指出，很多东西在高温120度烹煮时，都会释出丙烯酰胺，包括薯条、洋芋片、面包、咖啡、加州李、梨干等等，但像用煮的米饭、蕃薯就不会，因此维持健康最好的方法，是少吃油炸东西。
英国《卫报》报导，美国食品安全中心的资深科学家 Doug Gurian-Sherman认为，RNA干扰技术仍有许多未知数，基改马铃薯虽然宣称可减少丙烯酰胺，但也可能同时抑制抗病虫害的基因，让农药使用量增加，之后可能会上法庭，要求美国撤销基改马铃薯的许可。
郭华仁说，已有团体醖酿连署，要求麦当劳拒用基改马铃薯，台湾还没进入申请阶段，消费者应该效法国外，尽早对麦当劳施压，拒绝风险不明的基改薯条。
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