1、病害
锈病：为川贝母主要病害。病源多来自麦类作物。多发生于5-6月。防治方法：选离麦类作物较远，或不易被上河风侵袭的地块栽种；整地时清除病残组织，减少越冬病源;增施磷钾肥或降低田间湿度，增强抗病能力;发病初期喷0.2波美度石硫合剂或97%敌锈钠300倍液，亦可用代森铵或退菌特防治。
立枯病：危害幼苗。发生于麦季多雨季节。防治方法：注意排水，调节荫蔽度，阴雨天揭棚盖；发病前后用1：1：100的波尔多液喷洒。
根腐病：5-6月发生，根发黄腐烂。防治方法：注意排水，降低土壤湿度，拔除病株；用5%石灰水淋灌，防止扩散。
日灼病：病株近地面叶片、叶柄及茎被泥土污染灼伤坏死，防治方法：及时在雨季来临前用秸秆碎节覆盖地块；发现叶片等被泥土污染应及时冲洗。
菌核病：被害鳞茎产生黑斑，严重时整个鳞茎变黑，其内形成大小不等的黑色菌核，地上部分枯萎。防治方法：轮作；高畦种植；肥料充分腐熟。发现病株立即拔除，并用石灰消毒病穴，再用50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液灌根防止未病植株进一步蔓延。
2、虫害
金针虫、蛴螬：4-6月危害植株。防止方法：用烟叶熬水淋灌(每亩用烟叶2.5公斤，熬成75公斤原液，用时每公斤原液加水30公斤)；或每亩用50%氯丹乳油0.5-1公斤，于整地时拌土或出苗后兑水500公斤灌土防治。
地老虎：咬食茎叶。防治方法：早晚捕捉或用90%晶体敌百虫拌毒饵诱杀。
野蛞蝓：危害植株。防治方法：人工诱杀、捕杀；可在傍晚用3%石灰水或70～100倍氨水喷洒。
