君子兰养护管理不当，常会发生烂根烂叶现象，主要原因是通风不良或盆土过于潮湿。其次，植株患上白绢病，会使基部发生黑褐色湿腐，如果不及时防治，也会使植株腐烂：
君子兰生长最适宜温度是15℃一25℃，超过30℃，生长受到抑制，如果通风不良，会使叶片萎黄。因此4月下旬盆株放到室外养护时，要创造阴凉通风的环境。可用竹片搭架，盖上芦帘作为荫棚，以防阳光直射。炎热的夏季，更要做好遮荫工作。即使放在室内，也要通风，凉爽。
君子兰盆土应经常保持湿润，但切忌过湿。若放在室外养护，多雨季节应及时搬到室内，或用塑料薄膜挡住雨水，防止水涝烂根。
春季换盆或上盆时，所用盆土要多晒太阳进行消毒，以减少或避免白绢病菌的危害。白绢病菌丝和菌核能在土中或植物残体上存活多年，病菌能在土中传播，春夏气温高及多雨时容易发生.使植株基部感染而腐烂。发现自绢病，应及时更换培养土，已腐烂的可拔出植株，剪去腐烂根部，浸人高锰酸钾500倍液中消毒数小时后取出，放在阴凉处，吹干伤口，再扦入消毒过的素沙中，放在阴凉地方重新发根。如果能在发病前喷一次50％多菌灵可湿性粉帮500倍液，也能取得较好的防治效果。
白绢病还经常危害兰花及多肉植物中的鸢尾等。
