香菇的反季节栽培，处于6～9月的高温高湿季节，病害杂菌较冬季多，但只要防治措施得当，同样可获得理想的生产效果。
烂筒病：生产中多是木霉菌先行侵染，然后形成多菌交叉感染。防治措施：严格、规范接种操作，不使霉菌孢子落于料中。食用菌接种净化机值得推广，接种时开启净化机5分钟后再进行操作，效果与常规甲醛熏蒸的效果相仿，并且避免了甲醛残留的可能和对人体的刺激。菌种或菌袋发菌以及出菇期间，每5天对菇棚空闲处喷洒600～800倍多菌灵，或80倍左右的百病去无踪溶液，或10倍强优戊二醛，预防效果较理想，但应注意不要使药物直喷菌袋。发现木霉后，及时用菌绝杀药粉直接撒施污染区，也可配菌绝杀150倍溶液浸洗菌袋，或挖除霉点等处理。
青霉病：青霉菌可在香菇发菌阶段发生侵染，在出菇阶段作为病原菌形成危害。菇体染病后，霉层覆盖的菌肉组织腐烂，继而迅速向四周蔓延，导致其他子实体及菌袋被感染。防治措施可参考木霉菌防治。
黑斑病：该病蔓延速度较快，一旦幼菇（蕾）基部有病菌侵染，则停止生长，菇体迅速附着黑色霉层，引起腐烂。感病菇略有腐臭味。防治措施：①剔除感病菌袋，杜绝传染机会。②控温控湿，加强通风，适当调低空气湿度，相对湿度保持在80%以下时，这对病害的发生有一定的减化或抑制作用。③发生病害后，将病袋移出棚外，连续喷洒百病去无踪50倍液2～3次，或浸洗30分钟以上，以杀死菌袋表面病菌；感病严重者使用400倍多菌灵浸泡后，进行堆酵处理后作为有机肥。
香菇片菇病：病菌孢子在香菇基料内萌发后，条件适宜时迅速形成优势，感染整个菌袋，如香菇菌丝已发满50%左右时侵染，二菌可形成明显拮抗线，但由于病菌的自然抗性，将在香菇之前快速形成子实体，并抑制香菇菌丝的发展和后熟，同时抑制香菇不再出菇。防治措施：①彻底清理接种室、培养室及出菇棚周围环境，尤其陈年圆木、枯木、树桩等需清理干净，周围约30米距离内喷洒400倍多菌灵及200倍苯酚混合溶液，病菌基数偏高时，菇棚内喷洒100倍苯酚溶液，密闭2天后方可启用。②严格接种的无菌操作，培养室每5天喷1次药物杀菌，可交替使用150倍菌绝杀、200倍苯酚。③发生病害后，将病袋移出，焚烧或深埋，也可使用50倍百病去无踪浸泡后进行打碎、堆酵处理，用作有机肥。
